معاونت پژوهشی پژوهشکده هواخورشید با هدف سیاستگذاری و نظارت بر حسن اجرا در امر پژوهش و فناوری تشکیل شده است (برگرفته از سند شرح وظایف). حوزه وظایف این معاونت راهبری تیم آینده پژوهی، حمایت فنی از گروه های تخصصی، انجام برخی پروژه های پژوهشی، گسترش ارتباطات برون سازمانی در امر پژوهش و نظارت بر فعالیت ها و تولیدات پژوهشی می باشد. این معاونت جهت دستیابی به اهداف و وظایف محوله به انجام فعالیت های زیر اقدام می نماید.
1) تشکیل کمیته های عملی و پژوهشی،
2) رایزنی و بکارگیری مشاورین مجرب دانشگاهی و صنعتی،
3) تعریف طرح های پژوهشی و جذب پژهانه،
4) همکاری و تفاهم نامه با اعضای هیات علمی، سازمان ها و ارگان های مرتبط،
5) شرکت در کنفرانس ها و نمایشگاه ها،
6) برگزاری رویدادهای علمی و نشست های تخصصی،
7) نظارت بر گروه ها و سازماندهی و حمایت از تولیدات پژوهشی.